合同附件與主合同發生衝突怎麼辦

合同附件也就是合同補充協議，合同補充協議一般簽署在後，以補充協議所約定內容為準。具體依據如下：

1、補充協議中一般都會在尾部寫明“原合同與本補充協議不一致的，以本補充協議為準”；

2、《合同法》第77條規定，雙方協商一致，可以對合同進行變更。補充協議簽署在後，與主合同不一致，應視為雙方對主合同的變更，因此應以補充協議為準。