為什麼小分子很難直接靶向RNA

首先要把小分子藥物作用原理搞清楚。小分子藥物通過結合到靶蛋白特定位點來促進或者抑制該蛋白的功能，這種位點可能有氨基酸序列特異性或者蛋白質三維結構特異性。對於RNA來説，僅由四種核苷酸排列而成，相比於由20種氨基酸組成的蛋白質來説，序列的特異性需要更大的序列長度來維持，否則有很大脱靶的風險，做過siRNA干擾的人都知道，siRNA要設計成20nt左右，即使這樣，仍有脱靶的情況。而識別序列增加也需要空間上相對更大的小分子來識別，這樣一來不知設計出的小分子是否還是小分子。另外，rna形成的空間結構研究較少，或者説並沒有形成複雜的空間結構，只是自身通過鹼基互補配對形成的二級結構，所以從空間結構特異性出發研發小分子也有很大困難。再者，小分子與蛋白結合後，很多情況只是影響其部分功能，比如袁鈞瑛教授發現的nec1，僅僅block細胞壞死通路中關鍵蛋白RIP1的激酶活性，抑制細胞壞死，但不影響它招募其他蛋白形成複合物在NF-kB通路中的作用。如果小分子靶向mRNA，將從根源上抑制了蛋白的產生，缺少了某個蛋白可能會給細胞帶來更大的負面影響。題主提到非編碼RNA，現在有研究表明人類的一些先天性疾病是和非編碼RNA有關，如小胖威利症，這種疾病能否通過RNA來治療還有待進一步研究研究。